Historia sanktuarium sięga czasów napoleońskich. W 1813 roku, po klęsce pod Lipskiem, ciężko ranny Tomasz Kłossowski, kowal spod Lichenia, modlił się do Matki Bożej o ratunek. Wtedy ujrzał Matkę Najświętszą idącą przez pobojowisko, w królewskiej koronie, tulącą do serca Orła Białego. Najświętsza Panna pochyliła się nad nim i obiecała, że będzie uratowany. Poleciła mu przy tym, aby Jej wizerunek umieścił w swych rodzinnych stronach. I rzeczywiście stało się tak, jak powiedziała Najświętsza Matka. W nocy przyszli na pobojowisko okoliczni ludzie i zajęli się rannym Kłosowskim. Odzyskawszy zdrowie, powrócił do swej wsi, do Izabelina pod Licheniem. Długo poszukiwał wizerunku Matki Bożej, który byłby podobny do widzianego. Dopiero po 23 latach, wracając z pielgrzymki do Częstochowy - zobaczył zawieszony na przydrożnym drzewie we wsi Lgota - obraz, z wizerunkiem Matki Najświętszej, jakiego poszukiwał. Uzyskawszy zgodę właściciela, Tomasz Kłossowski zabrał go i otoczył wielką czcią w swoim domu. W roku 1844 umieścił wizerunek Madonny w małej kapliczce na wysokiej sośnie w grąblińskim lesie, położonym 2 km od Lichenia.

Po śmierci Tomasza Kłosowskiego w 1848 roku, obrazem zaopiekował się miejscowy pasterz - Mikołaj Sikatka, mający kilkakrotnie wizję Matki Boskiej. Zapowiadała kary i klęski, jeśli się ludzie nie nawrócą do Boga. Obiecała ratunek tym, którzy się do niej zwrócą przed Jej wizerunkiem. Przykazała mu również przenieść obraz z lasu do kościoła. W roku 1852, w dwa lata po pierwszym objawieniu, w całej Europie wybuchła zaraza i dziesiątkowała ludność. Przerażeni ludzie na miejscu objawień wybudowali kaplicę dla obrazu Matki Bożej, wokół którego zaczęły się gromadzić tysięczne tłumy. Całym zdarzeniem zainteresowały się władze kościelne. Ks. biskup z Kalisza przysłał specjalną komisję, celem zbadania licheńskich wydarzeń. W następstwie badań komisji polecono spełnić życzenie Matki Bożej i obraz przenieść do kościoła w Licheniu. Dokonano tego uroczyście dnia 29 września 1852 roku.

W 1949 roku parafię licheńską objęło Zgromadzenie Księży Marianów Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny, zakon katolicki założony w 1673 roku przez Stanisława Papczyńskiego.

15 sierpnia 1967 roku Kardynał Prymas Polski - Stefan Wyszyński, w święto Wniebowzięcia Matki Bożej, przy udziale ordynariusza diecezji włocławskiej biskupa Antoniego Pawłowskiego, wielu innych biskupów, kilkuset księży, zakonników i zakonnic oraz 150 tys. wiernych, dokonał aktu koronacji obrazu Matki Bożej Licheńskiej. Korona została przysłana przez papieża Pawła VI, który nadał obrazowi tytuł: Maryja - Bolesna Królowa Polski.

Obecnie obraz znajduje się w głównym ołtarzu kościoła św. Doroty. Kościół Św. Doroty powstał w XIX wieku, utrzymany jest w stylu neogotyckim, murowany z kaplicami.

W centralnej części sanktuarium, obok kościoła św. Doroty, wznosi się 25-metrowej wysokości kamienna góra (tzw. Golgota), na której szczycie widoczny jest krzyż oraz postacie Matki Bożej i św. Jana.

W 2004 roku oddano do użytku monumentalną pięcionawową bazylikę. Jest to obecnie największa świątynia w Polsce, ósma w Europie i dwunasta na świecie - długość 139 m, szerokość 77 m (szerokość elewacji frontowej - 162 m), wysokość części centralnej 64,8 m (wysokość krzyża wieży - 141,5 m). Kubatura budowli wynosi ponad 300 tys. m sześć., powierzchnia 23 tys. m kw. Światło wpada do wnętrza przez tyle okien, ile jest dni w roku - 365, a wejść do środka można przez tyle drzwi, ile rok ma tygodni - 52. Do kościoła prowadzą 33 stopnie nawiązujące do lat życia Jezusa Chrystusa na ziemi. W bazylice znajdzie się 7.000 miejsc siedzących i 10.000 stojących. Na placu przed bazyliką może zgromadzić się około 250 tys. wiernych.